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RT-PCR
作者:    日期:2016-08-15

反轉錄PCR(Reverse Transcription, RT-PCR)又稱為逆轉錄PCR,是指擴增mRNA的一種實驗技術。先將mRNA反轉錄成cDNA,然后再以cDNA為模板,用PCR方法加以擴增。


(一)逆轉錄酶的種類
AMV:有較強的聚合酶活性和RNA酶H活性。最適42℃。在高反應溫度時可消除mRNA的二級結構對逆轉錄的阻礙,然而高水平的RNA酶H的活性既抑制cDNA產生也限制其長度。
MMLV:有強的聚合酶活性,而RNA酶H活性較弱。較弱的RNA酶H活性對獲得2-3kb的mRNA的全長cDNA有很大好處。最適37℃。
Super RNaseH- Reverse Transcriptase:MMLV反轉錄酶的RNase H-突變體,它能將更大部分的RNA轉換成cDNA,這一特性允許從含二級結構的、低溫反轉錄很困難的模板合成較長的cDNA,最適42℃。(商品名為SuperScript和SuperScriptⅡ)
GoScript Reverse Transcriptase:專為 qPCR 而設計,利用 M-MLV 和先進的緩沖液技術獲得均衡穩定和可靠的 cDNA 合成結果,適合各種大小范圍的低豐度和高豐度的轉錄子,即使存在抑制劑也不受影響。


(二)引物的選擇
反轉錄引物有多種選擇,Oligo(dT)、隨機引物、基因特異性引物(GSP)等。

用來進行反轉錄的引物及其常用的推薦濃度如下表所示:

引物

常用終濃度

調整范圍

Oligo(dT)15

0.025μg/μl

0.01–0.125μg/μl

Random Primer

0.025μg/μl

0.01–0.1μg/μl

Oligo(dT)15+Random Primer

0.025μg/μl each primer

Each 0.01–0.1μg/μl

Gene-specific primer

1μM

0.5–0.1μM

(表格引用Promega公司的 GoScript 反轉錄系統操作方法說明書)


(三)優化及注意事項
1. 逆轉錄PCR時,提取RNA是關鍵,需分離高質量RNA(純度和完整性)。
2. 整個操作過程需使用祛RNA酶耗槍頭及EP管。
3. 反轉錄過程中要謹防RNA酶的污染,加入RNA酶抑制劑。
4. 為了防止非特異性擴增,必須設陰性對照。
5. 使用無RNaseH活性的逆轉錄酶
6. 提高逆轉錄酶保溫溫度
7. 減少基因組DNA污染
8. 對于反轉錄酶活性來說,二價陽離子是必需的。 對于大多數反轉錄反應,建議加入氯化鎂至鎂離子終濃度為2.5 mM 以得到最佳結果,可在1.5到5mM范圍內調整優化。對于長片段 RNA 的反轉錄,可以降低鎂離子濃度以提高延伸的完整性;短片段RNA的反轉錄,可以提高鎂離子濃度以提高反轉錄的效率。





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