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Q-PCR
作者:賽百慷    日期:2016-08-15

qPCR實驗操作流程

Q-PCR實驗流程:

一、 ①實驗前準備,每天早上到實驗室后,先把超凈工作臺的紫外燈打開15-20分鐘。②超凈臺前做實驗,需佩戴干凈的橡膠手套/一次性薄膜手套,RNA 抽提需帶口罩。③取EP管/槍頭時需用鑷子,不可以用使用過的手套直接取用。取完EP管/槍頭后,袋子及時封好。④橡膠手套須放入超凈臺照射紫外,實驗操 作過程中不得帶出超凈臺,移液器在一天工作結束后調至最大量程,并用75%乙醇清潔移液器,槍頭盒及超凈臺面。⑤實驗進行的過程中或觀看實驗時,沒有帶口 罩不要在超凈臺前講話。

 

二、 總RNA抽提

1)細胞培養皿中細胞樣品用1*PBS洗兩次后,用1ml槍將PBS吸干凈,加入1ml Trizol (invitrogen)溶液,吹打混勻,并吸至1.5ml RNase free EP管中使細胞充分裂解,室溫靜置5min;

如使用組織樣品,則先用液氮充分研磨組織樣品,然后加入1ml Trizol (Invitrogen)溶液,混勻,室溫放置5min使其充分裂解;(管蓋與管壁都需標記樣品名稱)

2)加入200μl氯仿,劇烈振蕩混勻30s,使水相和有機相充分接觸,室溫靜置3-5min;(離心時離心管按順序排放,離心完畢,離心管的順序也按順序排好,與第一步的順序一致)

3) 4℃下,14,000g離心15min,可見分為三層,RNA在上層水相,移至另一個新的RNase free EP管;(用20-200ul的槍吸取上清,吸上清時,槍頭應沿著液面上層吸取上清,槍頭不可碰到、吸到中間層)

4)沉淀RNA:加入等體積異丙醇,輕柔地充分混勻(顛倒6-8次)(不應用振蕩器混勻),室溫靜置10min;

5)4℃下,14,000g離心10min,收集RNA沉淀(如離心后仍不見EP管底部有沉淀,應將EP管放置在-80度冰箱過夜,繼續在4℃下,14,000g離心10min,收集RNA沉淀),去上清;

6)用75%乙醇洗滌兩次(12,000g離心5min)(加入乙醇后只需輕輕顛倒EP管即可,不用振蕩器震蕩或槍頭吸打沉淀),超凈臺風干;沉淀不能過干或過濕,過干則不易溶解,過濕則乙醇殘留。

7)視沉淀量加入適量DEPC水(至少15ul)溶解沉淀。

 

三、去基因組

使用RNase-free的DNase ?(Promega),按以下體系配置反應液,37℃消化30min,65℃滅活10min。

RNA 
DNase ? 
10 x buffer 
H2O(RNase free)
RNasin

30
20
10
39.5
0.5

μl
μl
μl
μl
μl

總體積

100

μl

然后按以下步驟操作:

1) 加入等體積的苯酚/氯仿,上下顛倒混勻,室溫放置5min后, 14,000rpm離心15min,取上清。

2) 加入等體積的氯仿,上下顛倒混勻,靜置分層后14,000rpm,離心15min,取上清。

3)加入等體積異丙醇,輕柔地充分混勻(顛倒6-8次),-20℃靜置15min;

4)4℃下,14,000g離心15min,收集RNA沉淀,去上清;

5)用75%乙醇洗滌兩次(12,000g離心5min),超凈臺風干;

6)加入適量DEPC水(至少15ul)溶解沉淀。

 

四、總RNA純度和完整性檢測

1)純度檢測:取1μl RNA樣品50倍稀釋,在核酸蛋白檢測儀上測定OD值,OD260/OD280的比值大于1.8,說明制備的RNA較純,無蛋白質污染。

2)總RNA完整性檢測:取RNA樣品1μl,1%瓊脂糖凝膠電泳80V×20min,EB染色10min,用凝膠成像系統觀察并拍照,總RNA的5s rRNA, 18s rRNA和28s rRNA條帶,三條條帶完整的話即可證明總RNA抽提比較完整。

 

五、逆轉錄

1、mRNA:

1) 在RNase free的PCR管中配置下列溶液:

 

Total RNA 
H2O

1.0

μg
μl

總體積

12

μl

2) 將上述溶液吹打均勻,置85℃保溫5min,使RNA變性。隨后立即冰上致冷, 以防止RNA復性;

3) 在該PCR管中加入下列試劑(Promega)

oligo(dT)
Random primer 
10mM dNTP 
RNase inhibitor 
5 x buffer 
M-MLV

0.5
0.5
2.0
0.5
4.0
0.5

μl
μl
μl
μl
μl
μl

總體積

8.0

μl

4) 將上述20μl反應溶液30℃保溫10min;

5) 42℃保溫50min;

6) 85℃保溫10min;

7) -20℃保存。

2、microRNA:

使用莖環逆轉錄法,原理如下圖:

1) 在去RNase的PCR管中配置以下溶液;

 

total RNA
X個miR逆轉錄引物
H2O

1.0
0.5*X

 

μg
μl

 

總體積

12.5

μl

2)將上述溶液混勻,85℃孵育5min,以打開RNA二級結構。隨后立即置于冰上,以防止RNA復性再次恢復二級結構;

3) 在另一去RNase的PCR管中配置以下溶液:

10mM dNTP (promega) 
RNase inhibitor (promega)
U6逆轉錄引物
5x buffer 
M-MLV (promega)

2.0
0.5
0.5
4.0
0.5

μl
μl
μl
μl
μl

總體積

7.5

μl

4) 將3)溶液加入到1)溶液中,混勻后30℃保溫10min;

5) 42℃孵育50min;

6) 85℃孵育10min滅活逆轉錄酶。

 

六、定量PCR檢測

1、引物測試:

根據mRNA設計的引物正式實驗前需進行qPCR測試其特異性和擴增效率,具體反應體系和反應條件如正式實驗,每對引物需做模板水對照。

得到結果后,首先根據熔解曲線判斷引物特異性,選擇標準為:單峰且峰形偏窄、水對照無明顯引物二聚體熔解曲線峰。若設計的多對引物熔解曲線均顯示特異性良好,則應對比各引物的擴增曲線,優先選擇Ct值小、擴增效率高的引物進行正式實驗。

2、確定上機內容后,首先在記錄本上編排好上機的樣品排放順序。

(1)一個樣品的加樣盡可能安排在同一行;

(2)如正式實驗中三次重復不能安排在同一板上,則需把三次重復中的實驗分開,但同一次重復的實驗不能分開兩板。

3、正式實驗:

體系配制:

H2O 4ul

SYBR Green PCR Master Mix 10ul (TOYOBO)(使用前需振蕩均勻)

上游引物 0.5ul (10uM)

下游引物 0.5ul (10uM)

總體積 15ul

計算好實驗中需用多少份體系,則按具體量配置。體系分裝會有損失,一般多配0.5份--1份體系。

總的體系配好后,在振蕩器中振蕩均勻或用槍吸打均勻,然后15ul每管分裝至8連管中。

4、cDNA用滅菌純水稀釋適當的濃度,一般為1:20稀釋,如遇到基因表達低的樣品,則適當降低稀釋比例至1:10或1:5。cDNA按一定順序排好 后,即可加至剛配好的反應體系中。加樣完畢,蓋好八連管蓋,并在八連管蓋最上沿的邊上標記好1-12的順序(不可將標記寫在反應管的蓋子上,八連管蓋避免 裸手觸摸中間透明的熒光采集區域,且保證每孔均蓋緊,否則影響重復性或可能出現熔解曲線峰漂移。)

5、把各排八連管放在掌上離心機上離心數秒。

 

七、上機:

7.1  先開電腦,進入Windows 界面。接著打開PCR儀電源開關。

7.2  打開7500軟件,選擇“新建”,在“Template”下拉菜單中選擇“60”或“65”(普通基因檢測為“60”,MicroRNA檢測為“65”)。

7.3  打開樣品架,放入八連管,關上樣品架,并在軟件上選擇已放反應管的孔位,剔除無反應管的孔位。

7.4  點擊File菜單中Save,輸入要保存結果的文件名,命名為日期-上機時間-客戶名字簡寫,如100830-1008-WL表示8月30日10點08分魏立的實驗。

7.5  點擊Start鍵,開始運行程序。

7.6  程序運行完畢后,取出樣品架上的八連管,按順序關閉ABI PRISM 7500 SDS 軟件、PCR儀電源開關。

7.7  在7500軟件上標記好每個反應孔的樣品名稱及檢測基因的名稱,分類保存好結果文件。

反應完成后,八連管應裝到封口袋中,袋子上標記好文件名,客戶的名字。(同一個客戶的三次重復實驗,則只需保存其中一次重復的反應管即可,其余可丟棄)

 

 



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    7.支付尾款,向客戶提供完整的全部實驗報告和原始數據。

    8.項目完成。


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